Kirkolla on merkityksensä myös kriittisen ajattelun edistäjänä. Sillä, että Pariisin oppituomioissa 1200-luvulla joitakin antiikin filosofien ajatuksista johdettuja teologisia näkemyksiä tuomittiin kerettiläisiksi oli seurauksena, että esimerkiksi Aristoteleen näkemyksiin alettiin suhtautua kriittisesti. Sitä ennen Pariisin yliopistossa, joka pitkälti on länsimaisen yliopistolaitoksen esikuva, oli Aristotelesta pidetty jotakuinkin erehtymättömänä auktoriteena. Kirkko pakotti opettajat ja opiskelijat kriittisyyteen.

Ei siksikään ole sattumaa, että valistus syntyi juuri kristillisessä Euroopassa. Mutta renessanssin ja valistuksen myötä tapahtunut kristillisyyden heikentyminen johti mm. siihen, että kristityistä maista siinä vaiheessa jo lähestulkoon kadonnut orjuus palasi takaisin Euroopan valtioiden uusissa siirtomaissa. Vähän myöhemmin sen perusteluksi sitten keksittiin tieteelliset rotuteoriat. Sen sijaan orjat itse löysivät kristinuskon ja sen pelastussanoman ja heidän jälkeläisensä yhä edelleen ovat usein hyvin uskonnollisia.

Tiedettä ja uskontoa on kuitenkin turha asettaa vastakkain. Sehän Amnellin saarnankin yksi kantavista ajatuksista oli. Ne eivät kilpaile keskenään samalla pelikentällä. Empiirinen tiede on paras menetelmä oppia paremmin tuntemaan tätä Jumalan luomaa maailmaa.

Toisaalta myös kirkko on koko ajan alisteinen tieteelliselle maailmankuvalle, tiede sanelee mitä maailmassa on tai ei ole, ja kirkko tulkitsee Raamattua tasan sen mukaisesti. Muuten maapallo olisi yhä mukamas universumin keskipiste ja homoihin suhtauduttaisiin samoin kuin joskus muinoin - vähintään lukkojen taakse, ellei jopa hengiltä. Jopa paavi myöntää evoluution. Jumalasta on tullut aukkojen jumala, joka löytää paikan olemassaololleen enää sieltä, mihin tiede ei yllä, eli käytännössä mielikuvituksesta ja lohduttavista tunteista.

Pahuutta voi saada aikaan niin uskon kuin tieteenkin varjolla, ongelma ei ole tieteessä eikä välttämättä edes uskossa, vaan siinä, että on ihmisiä, jotka haluavat pahaa, ja niitä ihmisiä löytyy kyllä hyvin runsaasti myös uskon piiristä, ja uskon nimissä raakuuksien teossa on jopa pitkä ja synkkä historia. Juju on siinä, että tiede ei sanele miten ihmisen tulisi käyttäytyä, tiede ei sanele moraalia eikä ihmisen moraalivalintoja voi perustella uskottavasti tieteellä, uskonnot sen sijaan jakelevat hyvin auliisti käskyjä ja elämän moraaliohjeita ihmisille. Joskus ihminen jopa hylkää oman luontaisen oikeustajunsa ja hurahtaa surmaamaan aborttilääkärin uskontonsa nimissä. Joskus ihminen on vinossa ilman uskontoakin.